Cherubimon era um dos Três Arcanjos Digimons que governava o Digimundo, desenvolvendo nele a verdade e o conhecimento. Era o único Digimon do Tipo Fera/Animal entre os três (Seraphimon e Ophanimon eram Digimons do Tipo Humano). Guardava os Digiespíritos da Terra, Água, Metal, Madeira e Trevas. .Ele pediu a Seraphimon que mudasse algumas leis para os Digimons do tipo Fera pois achou que elas eram um pouco injustas. Mas ele começou a acreditar que Seraphimon e Ophanimon não se importavam com o que ele pensava. E o que reforçou essa idéia foi quando ele viu Seraphimon e Ophanimon conversando "pelas costas" dele, embora ele tenha cometido um engano e não percebeu que eles não estavam falando mal nem criticando. Assim o ódio de Cherubimon aumentou e isso permitiu que Lucemon o corrompesse, transformando-o em um Digimon maligno e com desejo de vigança. Cherubimon reuniu diversos Digimons do Tipo Fera e declarou guerra aos Digimons Humanos. Ele planejou um ataque surpresa a Seraphimon e conseguiu derrota-lo facilmente e aprisionou Ophanimon no Castelo da Escuridão na Rosa Estrela. Zoe acredita que Cherubimon estava apaixonado por Ophanimon e que talvez esse fosse mais um motivo para Cherubimon se revoltar.Depois, com os Digiespíritos que possuia, Cherubimon criou a própria elite de Digimons e deu o espírito das Trevas a um garoto chamado Koichi (na qual Cherubimon fez lavagem-cerebral). Mas essa elite foi derrotada por Takuya e seus amigos, que possuiam outros Digiespíritos. Cherubimon decidiu que ele mesmo destruiria as crianças e pegaria os Digiespíritos delas, para assim ele ser ainda mais poderoso. Mesmo sem os Digiespíritos ele ainda era forte e Ophanimon não era párea então ela usou toda força que tinha para mudar os Digivices das crianças permitindo que elas unissemm os Digiespíritos e evoluíssem de novo. Com esse novo poder, Takuya e Koji digievoluiram e derrotaram Cherubimon. Takuya usou o Digivice par purificar Cherubimon, que voltou a ser bom e gentil, mas foi transformado em Digitama. No final da série esse Digitama "racha" e nasce Lopmon. O espírito do bom Cherubimon também aparece no último episódio, junto de Seraphimon e Ophanimon, onde ele também encoraja as crianças a derrotarem o maligno Lucemon, antes que ele destrua o mundo real.Logo após a derrota de Lucemon, os 3 Digimons Arcanjos passaram a governar o mundo Digital. Porem, o Lorde Demônio retornou e fes com que Cherubimon se torna-se um Digimon maligno e rebela-se contra Seraphimon e Ophanimon. Seraphimon não reagia instante algum aos ataques de Cherubimon pois se preucupava com a segurança de Ophanimon. Seraphimon acabou sendo derrotado pois tinha medo que o ataque ferise tambem Ophanimon e ficou selado em um gigantesco cristal.
Takuya e os outros usam seus Digivices para libertar Seraphimon do cristal, mas logo depois o palácio foi atacado pelos servos de Cherubimon. Mercurymon usa seus espelhos para lançar o poder do Digimon Arcanjo contra ele mesmo, destruindo o e absorvendo seus dados.
Muito tempo depois quando Mercurymon foi destruido e os dados de Seraphimon foram recuperados, ele renasceu como Patamon que passou a acompanhar o grupo junto com Neemon e Bokomon.

Um dos três Arcanjos Digimon escolhidos para governar o DigiMundo, Ophanimon guardava os DigiEspíritos do Fogo, Trovão e Gelo. Ela era responsável pela natureza do DigiMundo, até que Cherubimon foi corrompido pelas trevas de Lucemon. Aprisionada no castelo das trevas do vilão, na Rosa Estrela, ela chama várias crianças em Tókio para pegar o Trailmon com destino ao DigiMundo, dentre as quais cinco se tornaram os Guerreiros Lendários. Ela foi libertada pelas crianças, mas se sacrificou para que elas pegassem de volta os D-Tectors de Cherubimon. Usando suas últimas energias, ela modifica os D-Tectors de Takuya e Koji para poderem usar todos os DigiEspíritos na evolução. Pouco tempo depois, quando os DigiEscolhidos chegaram na lua, Patamon acha o DigiTama de Ophanimon, que choca se transformando em Plotmon.